En el caso de la fisura anal, perpetuada en muchos casos por una tensión excesiva del esfínter del ano, permite relajar las fibras musculares para permitir que cicatrice y se resuelva la fisura. El botox evita la lesión irreversible del esfínter anal interno, que es lo que se produce con la técnica quirúrgica clásica (esfinterotomía lateral interna), que consiste en la sección controlada de una parte del esfínter para lograr este efecto.
Esta técnica clásica es muy efectiva para lograr la cicatrización de la fisura, pero el daño irreversible del esfínter puede producir secuelas, como la incontinencia fecal, incluso años después de la cirugía, al asociarse otros factores, sobre todo en mujeres (edad, debilidad muscular, partos, etc.).
En caso de contracturas del suelo pélvico que producen trastornos de la deposición o dolor, el uso de botox también puede ayudar a relajar esos músculos y mejorar los síntomas.